主要用于治疗中枢神经系统肿瘤、神经内分泌肿瘤、唾液腺肿瘤、胰腺癌、非小细胞肺癌、甲状腺癌、肉瘤、结肠直肠癌、唾液腺肿瘤、胆管癌、脑肿瘤、导管肿瘤、乳腺样分泌肿瘤、乳腺癌、乳腺恶性黑色素瘤及其他妇科肿瘤等近20多种肿瘤。此外，恩曲替尼还被批准用于治疗NTRK基因融合阳性的晚期复发实体瘤的成人和12岁及以上儿童患者，以及ROS1阳性非小细胞肺癌患者。

适应症包括肺动脉高压、慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）、肺动脉高压相关的间质性肺疾病（PH-ILD）等。这些适应症都是基于临床研究的结果，但具体的用药指征和效果还需根据患者的具体情况和医生的判断来确定。